Đây là một trong những nội dung được nêu trong báo cáo kiểm toán công tác thanh tra, kiểm tra thuế; miễn, giảm, gia hạn thời hạn nộp thuế và hoàn thuế giá trị gia tăng giai đoạn 2023-2025 tại Thuế TPHCM do Kiểm toán Nhà nước khu vực IV vừa công bố.
2.320 người nộp thuế hơn 5 năm chưa được kiểm tra
Theo Kiểm toán Nhà nước khu vực IV, việc xây dựng và thực hiện kế hoạch thanh tra, kiểm tra thuế tại Thuế TPHCM còn nhiều hạn chế. Đáng chú ý, có 2.320 người nộp thuế trên 5 năm chưa được thanh tra, kiểm tra thuế.
Việc lựa chọn người nộp thuế vào kế hoạch còn trường hợp chưa phù hợp khi người nộp thuế thuộc nhóm rủi ro trung bình, thấp được lựa chọn với tỷ lệ vượt 10%, trong khi còn người nộp thuế thuộc nhóm rủi ro cao chưa được đưa vào kế hoạch.
Tiến độ thực hiện kế hoạch cũng còn chậm, tồn đọng kéo dài. Đến hết tháng 9/2025, sau khi hợp nhất số liệu của 3 Thuế địa phương, Thuế TPHCM còn 1.357 cuộc thuộc kế hoạch giai đoạn 2019-2023 chưa hoàn thành.
' %2F%3E%3C%2Fsvg%3E)
Người dân thực hiện thủ tục thuế tại TPHCM (Ảnh: Nam Phong).
Năm 2024, Cục Thuế TPHCM xây dựng 6 chuyên đề thanh tra, kiểm tra đối với 1.074 người nộp thuế. Tuy nhiên, kết quả triển khai 5/6 chuyên đề còn thấp, mới thực hiện 299/998 người nộp thuế, đạt 30% kế hoạch. Năm 2025, trong 15 chuyên đề kiểm tra 97 doanh nghiệp, Thuế TPHCM mới triển khai 39 doanh nghiệp, hoàn thành 28 doanh nghiệp; còn 3 chuyên đề chưa triển khai.
Qua chọn mẫu, Kiểm toán Nhà nước phát hiện một số cuộc thanh tra, kiểm tra kéo dài quá thời hạn; việc xác định nghĩa vụ thuế còn sai sót, trong đó có rà soát giao dịch giữa các bên liên kết và lựa chọn đối tượng so sánh.
Đối với hồ sơ hoàn thuế, việc xử lý hóa đơn chưa có kết quả xác minh chưa thống nhất.
Đối với hồ sơ kê khai thuế của một số doanh nghiệp, Kiểm toán Nhà nước còn ghi nhận trường hợp có dấu hiệu liên quan đến trốn thuế, mua bán hóa đơn, chứng từ và đã chuyển thông tin sang cơ quan điều tra để xử lý.
Nhiều trường hợp miễn, giảm, gia hạn thuế chưa đúng
Trong công tác miễn, giảm, gia hạn thời hạn nộp thuế, Thuế TPHCM chưa lập dự toán số giảm thu do ảnh hưởng của chính sách đối với tiền thuê đất, tiền sử dụng đất. Việc theo dõi, cập nhật hồ sơ miễn, giảm thuế chưa kịp thời, đầy đủ.
Qua chọn mẫu, Kiểm toán Nhà nước phát hiện trường hợp kê khai giảm thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa, dịch vụ không thuộc diện hoặc không đúng thời gian được giảm; kê khai ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp chưa đúng điều kiện, đối tượng, thu nhập hoặc thuế suất. Có trường hợp không thuộc diện được gia hạn nhưng vẫn kê khai gia hạn, hoặc hết thời gian gia hạn nhưng chưa nộp thuế đúng hạn.
Việc xử lý các trường hợp thuộc diện miễn tiền thuê đất còn chậm, chưa dứt điểm. Kiểm toán Nhà nước cũng ghi nhận một số cơ sở đào tạo lái xe kê khai doanh thu dịch vụ đào tạo lái xe thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng, trong bối cảnh pháp luật chuyên ngành về đào tạo lái xe có thay đổi.
Đối với các dự án điện năng lượng mặt trời mái nhà, Kiểm toán Nhà nước phát hiện một số dự án có công suất lớn hoặc nhiều dự án được lắp đặt tại cùng một địa chỉ nhưng chia thành các dự án nhỏ để thuộc trường hợp được miễn giấy phép hoạt động điện lực. Các dự án này đang kê khai miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo chính sách ưu đãi đối với năng lượng xanh. Kiểm toán Nhà nước đề nghị cơ quan chức năng xác nhận điều kiện miễn giấy phép để làm cơ sở xác định ưu đãi thuế.
Hoàn thuế giá trị gia tăng còn nhiều tồn tại
Công tác tiếp nhận, phân loại và giải quyết hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng còn chậm. Việc theo dõi hồ sơ hoàn trước, kiểm tra sau chưa đầy đủ; còn hồ sơ quá 5 năm chưa được thanh tra, kiểm tra sau hoàn.
Qua chọn mẫu, Kiểm toán Nhà nước phát hiện trường hợp sử dụng hóa đơn mua vào của người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đăng ký, đã ngừng hoạt động hoặc thuộc danh sách cảnh báo rủi ro. Việc xử lý các hóa đơn chưa có kết quả xác minh cũng chưa thống nhất.
Một số trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa bảo đảm đầy đủ cơ sở xác định số thuế được hoàn, trong đó có trường hợp hoàn toàn bộ thuế đầu vào đối với khoản phí sử dụng hạ tầng trả cho 3 giai đoạn ngay trong kỳ hoàn thuế của giai đoạn đầu tiên, dù các giai đoạn sau chưa triển khai. Có trường hợp hoàn thuế đầu vào liên quan đến chi phí xây dựng phát sinh khi công trình chưa được cấp giấy phép xây dựng.
Từ kết quả kiểm toán, Kiểm toán Nhà nước khu vực IV kiến nghị Thuế TPHCM xử lý tài chính hơn 11,74 tỷ đồng, gồm tăng thu ngân sách Nhà nước hơn 11,63 tỷ đồng và thu hồi nộp ngân sách hơn 105,9 triệu đồng.
Kiểm toán Nhà nước kiến nghị Thuế TPHCM rà soát, xử lý các trường hợp kê khai giảm thuế giá trị gia tăng, miễn, giảm, ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp và gia hạn nộp thuế chưa đúng; xử lý các trường hợp có dấu hiệu rủi ro về thuế, hóa đơn và chấn chỉnh sai sót trong thanh tra, kiểm tra. Rà soát, xác định rõ nguyên nhân các cuộc thanh tra, kiểm tra kéo dài trên 1 năm; đối với trường hợp chậm do nguyên nhân chủ quan, tổ chức kiểm điểm, làm rõ trách nhiệm tập thể, cá nhân có liên quan.
Đối với Cục Thuế, Kiểm toán Nhà nước kiến nghị hoàn thiện quy trình hoàn thuế, quy định rõ việc rà soát, đối chiếu hóa đơn đầu vào với thông tin cảnh báo rủi ro để thống nhất thực hiện trên toàn quốc.
Đối với UBND TPHCM, Kiểm toán Nhà nước kiến nghị khẩn trương hoàn thiện trình tự, thủ tục xử lý các trường hợp còn vướng mắc về miễn tiền thuê đất.