Theo bà Nguyễn Thị Thu, Trưởng ban Nghiệp vụ thuế (Cục Thuế, Bộ Tài chính), về nguyên tắc,cơ quan thuế căn cứ vào dữ liệu về khấu trừ thuế do các tổ chức chi trả kê khai để tổng hợp, xác định số thuế thu nhập cá nhân của người nộp thuế.
Tuy nhiên, sau khi quyết toán thuế, các tổ chức chi trả vẫn có thể thực hiện kê khai bổ sung, điều chỉnh nếu phát hiện sai sót. Việc này làm thay đổi số thuế đã khấu trừ của người nộp thuế. Dữ liệu được điều chỉnh, số thuế phải nộp hoặc số tiền hoàn thuế của người nộp thuế cũng có thể thay đổi theo.

Khi gặp vướng mắc cụ thể về quyết toán thuế thu nhập cá nhân, người nộp thuế nên liên hệ cơ quan thuế quản lý trực tiếp để được kiểm tra, xử lý
ẢNH: NGỌC THẮNG
Chẳng hạn, trước đây, cơ quan thuế xác định người nộp thuế được hoàn 10 đồng, sau khi tổ chức chi trả kê khai điều chỉnh, số tiền hoàn có thể tăng lên 12 đồng nhưng cũng có thể giảm xuống còn 8 đồng, tùy theo dữ liệu điều chỉnh thực tế.
Nếu số tiền hoàn giảm so với trước, phát sinh số thuế phải nộp thì người nộp thuế phải nộp phần chênh lệch. Trường hợp phát sinh nghĩa vụ thuế thì có thể phát sinh cả tiền chậm nộp.
"Nếu cảm thấy băn khoăn, vướng mắc về các vấn đề liên quan quyết toán thuế thu nhập cá nhân như số thuế phải nộp, số tiền hoàn… người nộp thuế nên liên hệ cơ quan thuế quản lý trực tiếp để được kiểm tra, đối chiếu dữ liệu và xử lý", bà Thu khuyến nghị.
Trước đó, một người nộp thuế tại Hà Nội thuộc diện tự quyết toán thuế thu nhập cá nhân 2025, đã hoàn thành quyết toán cuối tháng 4.2026. Ngày 29.4, người này hoàn tất nộp số tiền thuế phải nộp là 111.111 đồng.
Tuy nhiên, ngày 7.5, chị nhận được quyết định hoàn thuế thu nhập cá nhân từ Thuế TP.Hà nội với số tiền 379.798 đồng.
Đến ngày 7.9, thông báo từ Thuế TP.Hà Nội lại cho biết chị còn nợ thuế 393.357 đồng. Trong đó, số tiền thuế và các khoản thu khác tính đến ngày 31.8 là 379.798 đồng; số tiền chậm nộp tính đến ngày 31.8 là 13.559 đồng. Cơ quan thuế đề nghị chị nộp ngay các khoản trên vào ngân sách.
Băn khoăn cơ quan thuế có thể tính toán nhầm lẫn, đang chủ động chấp hành quy định giờ lại thành người làm sai, phải nộp cả tiền chậm nộp, người nộp thuế trong tình huống nêu trên chưa nộp lại số thuế nợ theo thông báo.
Luật sư Nguyễn Văn Được, Tổng giám đốc Công ty TNHH Kế toán và tư vấn thuế Trọng Tín, cho rằng, không nên chỉ nhìn vào hiện tượng vừa được hoàn thuế đã bị yêu cầu nộp lại và còn phải trả tiền chậm nộp rồi kết luận cơ quan thuế tính toán không đúng.
Tuy nhiên, hoàn toàn có thể xảy ra trường hợp hệ thống điện tử của ngành thuế có thể có những sai lệch, trục trặc.
"Muốn đánh giá chính xác, cần đối chiếu hồ sơ quyết toán, các nguồn thu nhập, chứng từ khấu trừ thuế và lịch sử điều chỉnh của từng đơn vị chi trả.
Đặc biệt, phải xác định thời điểm phát sinh nghĩa vụ thuế thực tế để xem việc tính tiền chậm nộp có đúng quy định hay không. Mấu chốt là cơ quan thuế cần minh bạch về căn cứ, thời điểm và lý do điều chỉnh để người nộp thuế có thể kiểm tra và thực hiện đúng nghĩa vụ", ông Được nhấn mạnh.