Tranh cãi xảy ra khi Kim Min-seop, VĐV đã tham gia bơi ở vòng loại ở cả hai nội dung bơi tiếp sức 400m nam (cùng đội tuyển Hàn Quốc đoạt HCB) và tiếp sức 800m (đoạt HCĐ) nhưng lại không được ban tổ chức trao huy chương. Phía chủ nhà giải thích rằng họ chỉ trao huy chương cho VĐV góp mặt ở trận chung kết.
Nhật Bản giải thích nếu một VĐV đấu vòng loại, giúp đội tuyển của mình lọt vào chung kết nhưng không góp mặt ở nội dung tranh huy chương thì người này không được nhận giải. Họ chỉ tính huy chương trên các VĐV thi phần thi cuối cùng. Phần còn lại chỉ được nhận chứng nhận dạng kỹ thuật số.
Đây là điều khá lạ lẫm vì tại nhiều giải đấu khác, ban tổ chức thường trao huy chương cho các VĐV đăng ký nếu như đội bơi đứng trong Tốp 3. Ngay cả khi VĐV này dự vòng loại nhưng không được đăng ký thi chung kết, họ vẫn “có phần” nếu đội nhà giành vinh quang. Vì VĐV vẫn được tính là có đóng góp vào thành tích chung. Khác biệt là năm nay ở Asiad 20, Nhật Bản đã ra quyết định mới.
Phía Hàn Quốc không đồng ý với lập luận này từ chủ nhà Asiad 20. Ủy ban Olympic Hàn Quốc khẳng định họ sẽ tự sản xuất huy chương y hệt như của ban tổ chức để trao tặng cho các VĐV có công. Đại diện Ủy ban Olympic Hàn Quốc cho biết: "Chúng tôi quyết định sản xuất riêng và trao tặng huy chương giống hệt huy chương thật cho các VĐV thi đấu vòng loại hoặc VĐV dự bị ở Asiad 20 - những người không được nhận huy chương theo quy định của đại hội.
Mục đích của việc này là để tri ân nỗ lực của những VĐV đã đóng góp đưa toàn đội vào chung kết và giành huy chương ở nội dung đồng đội, nhưng lại không có tên trong danh sách thi đấu chung kết nên không được nhận huy chương".
Tính đến 15h00 ngày 29/9, đoàn thể thao Hàn Quốc tạm đứng thứ 3 với 21 huy chương vàng, 26 huy chương bạc và 44 huy chương đồng. Trung Quốc dẫn đầu áp đảo với 135 huy chương vàng, đứng thứ hai là Nhật Bản với số huy chương vàng là 41. Nhiều khả năng Hàn Quốc sẽ bảo vệ thành công vị trí thứ 3 toàn đoàn vì khi đại hội còn gần 1 tuần nữa sẽ kết thúc, họ đang giữ khoảng cách 11 HCV so với Uzbekistan xếp ngay sau. Đứng trên Hàn Quốc, đoàn Nhật Bản cũng tạo ra khoảng cách rất xa nên các vị trí 1-2-3 gần như chắc chắn sẽ không thay đổi.