Trước thực tế này, Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) kiến nghị bổ sung cơ chế chuyển tiếp thuế, đồng thời phân định rõ trách nhiệm giữa bên bán và bên mua, nhằm hạn chế rủi ro pháp lý và bảo đảm môi trường kinh doanh ổn định.
Bổ sung cơ chế chuyển tiếp, tránh truy thu ngoài dự liệu
Góp ý vào Dự thảo Nghị định sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định 181/2025/NĐ-CP, đã được sửa đổi bởi Nghị định 359/2025/NĐ-CP và Nghị định 144/2026/NĐ-CP, VCCI nhất trí với sự cần thiết ban hành quy định mới.
Theo VCCI, các nội dung sửa đổi có thể góp phần thúc đẩy đầu tư chế biến sâu, nâng cao giá trị sản phẩm trong nước, cải thiện dòng tiền và năng lực cạnh tranh của doanh nghiệp xuất khẩu.
Tuy nhiên, để chính sách thật sự phát huy hiệu quả, VCCI cho rằng cần giải quyết hai vấn đề quan trọng, gồm xử lý các giao dịch phát sinh trước thời điểm quy định mới có hiệu lực và làm rõ trách nhiệm của các bên trong giao dịch hàng hóa tại khu phi thuế quan.
VCCI cho rằng, Điều 2 của Dự thảo quy định Nghị định có hiệu lực kể từ ngày ký nhưng chưa làm rõ cách xử lý đối với những giao dịch đã phát sinh trước thời điểm này. Trong khi đó, Nghị định 144/2026/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 20/6/2026, nhiều doanh nghiệp đã lập hóa đơn, thực hiện tờ khai hải quan hoặc phát sinh hàng tồn kho liên quan các mặt hàng thuộc Phụ lục II.
Đáng chú ý, yêu cầu tra cứu mã hàng theo danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu và biểu thuế tại thời điểm phát sinh tờ khai có thể gây khó khăn cho doanh nghiệp khi xác định chính sách thuế áp dụng đối với hàng hóa đã hoàn tất thủ tục hải quan.
Nếu thiếu hướng dẫn chuyển tiếp, doanh nghiệp khó chủ động điều chỉnh hóa đơn, kê khai bổ sung, đồng thời có nguy cơ phát sinh cách hiểu và áp dụng không thống nhất giữa các cơ quan thuế, hải quan địa phương.
Từ thực tế này, VCCI kiến nghị cho phép hàng hóa thuộc các mã hàng được đưa ra khỏi Phụ lục II, có thời điểm xác định thuế VAT từ ngày 20/6/2026 đến trước ngày Nghị định mới có hiệu lực, được áp dụng thuế suất 0% nếu đáp ứng đầy đủ điều kiện.
Doanh nghiệp cũng cần được điều chỉnh hóa đơn, khai bổ sung hồ sơ thuế mà không bị xử phạt vi phạm hành chính, không bị tính tiền chậm nộp đối với khoản chênh lệch phát sinh từ việc điều chỉnh theo quy định chuyển tiếp.
Để bảo đảm thực hiện thống nhất, VCCI đề nghị Bộ Tài chính ban hành hướng dẫn về điều chỉnh hóa đơn, kê khai bổ sung và giải quyết hồ sơ hoàn thuế trong vòng 15 ngày kể từ ngày Nghị định có hiệu lực. Việc xác định rõ thời hạn xử lý sẽ giúp doanh nghiệp chủ động hoàn thiện chứng từ, quản trị dòng tiền và giảm chi phí tuân thủ.
Phân định trách nhiệm, không chuyển rủi ro sang bên bán
Một vấn đề khác được VCCI lưu ý là điều kiện áp dụng thuế suất VAT 0% đối với hàng hóa bán vào khu phi thuế quan. Dự thảo mở rộng số mã hàng được hưởng thuế suất 0%, nhưng quy định hiện hành vẫn yêu cầu hàng hóa phải được tiêu dùng trong khu phi thuế quan và phục vụ trực tiếp hoạt động sản xuất hàng xuất khẩu.
Trong khi đó, bên bán thường không có khả năng kiểm soát việc lưu kho, sử dụng hoặc chuyển nhượng hàng hóa của bên mua sau khi bàn giao. Nếu bên mua sử dụng hàng hóa sai mục đích, nhà cung cấp trong nước vẫn có thể đối mặt với nguy cơ bị truy thu thuế, xử phạt, dù không trực tiếp thực hiện hành vi vi phạm.
VCCI dẫn trường hợp doanh nghiệp chế xuất bán lại một phần hàng hóa vào thị trường nội địa để cho thấy những bất cập trong phân định trách nhiệm giữa các bên. Tình trạng này không chỉ làm gia tăng rủi ro pháp lý mà còn có thể ảnh hưởng đến quyết định ký kết hợp đồng dài hạn và duy trì quan hệ cung ứng của doanh nghiệp.
Để khắc phục, VCCI đề nghị bổ sung quy định về văn bản cam kết của tổ chức trong khu phi thuế quan, xác nhận hàng hóa được sử dụng phục vụ trực tiếp hoạt động sản xuất hàng xuất khẩu. Bên mua phải chịu trách nhiệm về nội dung cam kết và thực hiện kê khai, nộp thuế VAT nếu sử dụng hàng hóa không đúng mục đích.
Ngược lại, bên bán đã có đầy đủ hồ sơ theo quy định cần được loại trừ trách nhiệm truy thu và xử phạt đối với hành vi vi phạm phát sinh từ phía bên mua sau khi hàng hóa được bàn giao.
Theo VCCI, hoàn thiện chính sách thuế không chỉ dừng ở việc xác định thuế suất, mà cần làm rõ thời điểm áp dụng, hồ sơ chứng minh và trách nhiệm của từng chủ thể. Đây là cơ sở để vừa bảo đảm yêu cầu quản lý, chống thất thu ngân sách, vừa hạn chế những nghĩa vụ bất hợp lý đối với doanh nghiệp đã thực hiện đầy đủ trách nhiệm của mình.
Minh Dũng
MINH DŨNG